일상적으로 괴수가 사람들을 위협하는 세계.

괴수를 토벌하는 "일본 방위대" 입대를 지망하던 히비노 카프카는,
언제부턴가 그 꿈을 포기하고 괴수 전문 청소업자로서 일하고 있었다.

"둘이서 괴수를 전멸시키자"

어린 시절 그렇게 함께 맹세한 소꿉친구 아시로 미나가
제3부대 대장으로서 각광을 받고 있는 가운데,
그녀와 함께 싸울 수 없는 카프카는 자신이 한심하게 느껴졌다.

하지만, 방위대에 입대하려는 이치카와 레노와의 만남을 계기로
멈춰있던 카프카의 시간이 다시 움직이기 시작하는데..!